دعا الشيخ العلامة يوسف القرضاوي المولى الرحيم أن يتغمد فضيلة الأستاذ محمد المهدي عاكف بواسع رحمته، وأن ينزله منازل الصديقين والشهداء؛ جزاء صبره ومصابرته ومرابطته.
وقال رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين على موقعي فيسبوك وتويتر:
رحم الله فضيلة الأستاذ محمد المهدي عاكف.. الرجل الرباني، وأنزله منازل الصديقين والشهداء.. عرفته في الدعوة رجلا قويا لا يهن، صلبا لا يلين.. شامخا لا ينكسر.. مستقيما لا ينحني، وعرفته في المحنة صابرا مصابرا مرابطا؛ حتى مات في محبسه راضيا مرضيا عند الله والمؤمنين.. اللهم اغفر له وارحمه وأدخله جنة الفردوس. آمين.
موجبات تغير الفتوى في عصرنا 
فقه الوسطية الإسلامية والتجديد 
مركز المرأة في الحياة الإسلامية 
جيل النصر المنشود 
